Also…
bei Windows einmal chkdsk c: /f und dann ein neues Image schreiben lassen, hat geholfen.
Jetzt verstehe ich auch, dass die Cluster-Fehler auf das Cloop bezogen waren.
Hatten jetzt nur ein weiteres Problem mit dem verschiedenen Erkennen von den Partitionen.
WIr hatten letztes Jahr Probleme mit der Device-Erkennung bei zwei Hardwaregruppen, die mit SD-Kartenlesern ausgestattet waren. Sodass die Festplatte als /dev/sdc erkannt wurde.
Das hatte man ja dann mit Labeling gelöst, was auch bei den beiden Hardwaregruppen funktioniert hatte.
Nun ist die Hardwaregruppe, um die es aktuell geht, damals von dem Problem verschont geblieben, sodass wir diese nicht gelabelt haben.
Nun haben wir die Labels aber auch hier gesetzt, da diese Rechner (bzw. manche Rechner) jetzt auch die HDD als /dev/sdc/ erkennen.
Dies hat aber nun nicht funktioniert, da wir in der start.conf. die Label mit großen Buchstaben geschrieben haben, also z.B. Win7/Cache/Daten.
Linbo hat aber die Partitionen mit kleinen Buchstaben gelabelt, also win7/cache/daten. Sodass bei der Hardware-Konfiguration beim Booten Linbo nach Win7/Cache/Daten-Labels auf den Partitionen gesucht, diese aber nicht gefunden hat.
Beim umändern auf Kleinbuchstaben hat es dann sofort funktioniert. 
Grüße
Valentin