Wenn man mal hier schaut:
cat /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
# dann sehe ich dies hier:
APT::Periodic::Update-Package-Lists "1";
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "1";
Daraus schließe ich, dass die unattendedUpgrades aktiviert worden sind (UnattendedUpgrades - Debian Wiki).
Mir ist immer noch nicht klar, warum Du apt update && apt upgrade machst? Das ist genau das gleiche, was auch das installer-Skript macht. Wenn man immer nur das verwendet, kann nichts schiefgehen. Ich hab jetzt seit Monaten immer nur das installer-Skript laufen lassen einmal pro Woche, nichts anderes, nichts von Hand und es gab nie Probleme.