Ok, sorry, ich habe mich wohl verguckt und antworte mir selbst:
Tatsächlich laufen „winbindd“ Prozesse, wenn man samba (neu)startet. D.h. den winbind.service zu restarten hat tatsächlich zur Folge, dass winbindd Prozesse gekillt werden, die gar nicht ihm gehören.
Fazit: winbind.service lässt man auf dem Server am besten in Ruhe (kann man den nicht deinstallieren?)
VG, Tobias