Update:
gdm3 macht mit dem dem PAM-Stack etwas anderes als lightdm (leider). Es ruft pam_mountmehrmals auf, später wird die Session von gdm geschlossen (also die des Anmeldebildschirms). An dieser Stelle läuft dann etwas schief, denn pam_mount denkt jetzt, dass keiner mehr angemeldet ist und umounted nun alle gerade einghängten Laufwerke.
Naja, werde vorerst mit lightdm Vorlieb nehmen und erst einmal weitermachen 